實踐中處理該問題的主要法律依據是《最高人民法院關于審理勞動爭議案件適用法律若干問題的解釋》第九條[1]和《最高人民法院關于審理勞動爭議案件適用法律若干問題的解釋（二）》第十一條[2]兩個規定，因這兩條規定稍有不同，因此實踐中各地法院對于只立一案還是分別立案、一個判決還是分案判決、一個案號還是兩個案號等的處理方式也稍有不同，但相同的是訴訟請求合并審理、只出一個裁判文書。
（1）有的法院只立一案，以先起訴的一方為原告，后起訴的一方為被告，雙方的訴訟請求合并審理，最后做出一個案號的一個裁判文書；
（2）有的法院分別立案，但并案審理，雙方互為原告和被告，最后做出列有兩個案號的一個裁判文書；
（3）有的法院只立一案，雙方互為原被告，雙方的訴訟請求合并審理，最后做出一個案號的一個裁判文書。
由于現行法律對勞動仲裁階段和訴訟階段銜接的規定尚未完善，導致實踐中上述幾種處理方式同時存在，但不論法院采取哪種處理方式，對于提起訴訟的一方來說，在起訴、答辯、質證、最后陳訴甚至不服一審判決提起上訴等法定程序上沒有任何不同。因此，在實踐操作中用人單位不服勞動仲裁裁決提起訴訟時，僅需要注意以下事項即可：
（1）是否為一裁終局的裁決，如果不服一裁終局的裁決，按照該裁決規定的時間向規定的法院提起撤銷訴訟；
（2）如果不是一裁終局的裁決，在勞動仲裁規定的時間內向該裁決書規定的法院或其他有管轄權的法院提起訴訟；
（3）當雙方均不服仲裁裁決提起訴訟時，法院按照第一種處理方式將后起訴一方列為被告，雙方訴訟請求合并審理，并要求后起訴一方撤訴的，后起訴一方應向法院詢問如果原告撤訴時被告的訴訟請求如何處理。
[1]《最高人民法院關于審理勞動爭議案件適用法律若干問題的解釋》第九條當事人雙方不服勞動爭議仲裁委員會作出的同一仲裁裁決，均向同一人民法院起訴的，先起訴的一方當事人為原告，但對雙方的訴訟請求，人民法院應當一并作出裁決。
[2]《最高人民法院關于審理勞動爭議案件適用法律若干問題的解釋（二）》第十一條勞動者和用人單位均不服勞動爭議仲裁委員會的同一裁決，向同一人民法院起訴的，人民法院應當并案審理，雙方當事人互為原告和被告。在訴訟過程中，一方當事人撤訴的，人民法院應當根據另一方當事人的訴訟請求繼續審理。
來源：勞動法第一團隊
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